Digitális mikroszkópia, 3D megjelenítés

Vincze Miklós, Papp Kristóf Tamás, Doaa Mahmoud, Abdallah Benhamida, Dr. Kozlovszky Miklós

Az olyan tudományos diszciplínák előre haladása, mint a szövetlemezek digitalizálása, a hatalmas mennyiségű adat kezelése és a virtuális valóság forradalma, segítik és motiválják azokat a tényezőket, amelyek új távlatokat nyitnak a digitális patológiában. Az idő múlásával a patológusok feladatait egyre inkább számítógéppel támogatják, amelyek csökkentik az időigényt és az unalmas feladatok jelentette terheket. A digitális patológiai rendszernek interaktív és vonzó tulajdonságokkal kell rendelkeznie, hatékonyan kell szolgálnia a patológusokat, bővíteni kell kognitív képességeiket és kielégíteni az igényeiket.

A szövetminták digitalizálása az a folyamat, amely lehetővé teszi a háromdimenziós megjelenítést, amely leutánozza a szövetminták jellegét, de a hatalmas mennyiségű szövettani adat kihívást jelent a háromdimenziós vizualizációban, mivel a méret eléri a gigabájtokat, és így sok időt vesz igénybe a memóriába történő feltöltés. Az összes fennálló követelmény mellett a vizualizációs eszköznek felhasználóbarátnak és a kutatók és a patológusok számára könnyen hozzáférhetőnek kell lennie.

A projekt célja egy olyan vizualizációs felület létrehozása, amely kihasználja a játék motorok és a virtuális valóság előnyeit. Ez a projekt lehetővé teszi kétdimenziós orvosi képek betöltését és az adott tárgylemezek háromdimenziós ábrázolásának elkészítését hisztogramok segítségével. Ezeket a képeket a hozzájuk tartozó metaadatokkal együtt töltjük be, amelyeket később a különböző annotációs helyek hőtérképének dián belüli elkészítéséhez használunk. A projekt képes biztosítani ezeket a funkcionalitásokat a dia különböző nagyításainál, valamint a dia különböző metszeteinél is.

A szövetmintákat különböző nagyításokkal szkennelték, ahol minden nagyítási szint mozaikokból állt, és ezeket a képeket digitális fájlformátumban mentették el. A “.Net” könyvtárat használták ezeknek a digitális diáknak olyan ismert képformátumra történő konvertálására, amely alkalmas Godot engine-nel történő feldolgozásra. A ”.Net” szkript a metaadatokat is feldolgozta a Godot engine-en belül. A feldolgozott metaadatokat hőtérképként állítottuk össze, majd egyesítettük a minta különböző darabjaival. Az Oculus Rift segítségével a felhasználó kapcsolatba léphet a környezettel és irányíthatja a vizualizációt.